Traditionell geht es beim Pflanzenarten-Schutz primär um den Erhalt ihrer Verbreitungsgebiete (Areale). Die Arealsituation ist auch das wichtigste Kriterium bei der Zuordnung von Gefährdungsgraden in Roten Listen. Allerdings wurden in der Vergangenheit die Pflanzensippen im Naturschutz oft sehr undifferenziert behandelt und die Arealverhältnisse sehr kleinmaßstäblich betrachtet.
Inzwischen hat sich die Überzeugung weitgehend durchgesetzt, dass nicht nur die sogenannten Kleinarten in Artenkollektiven wie Brombeere (Rubus fruticosus agg.) oder Löwenzahn (Taraxacum officinale agg. zum Beispiel in Roten Listen separat zu bewerten sind, sondern auch Unterarten - unabhängig davon, wie leicht die Arten anzusprechen sind. Unterstützt wird dieses Vorgehen durch das internationale Übereinkommen über den Schutz der biologischen Diverstität (Rio de Janeiro 1992), in dem sich die Unterzeichnerstaaten unter anderem auch zum Schutz der "infraspezifischen Diversität" verpflichtet haben.
Auch wenn die Rahmenbedingungen dafür immer schlechter werden, so ist mittlerweile als weiteres bedeutendes Ziel des Artenschutzes dazugekommen, auch in Zukunft Evolution zu ermöglichen. Evolution aber spielt sich in jüngerer Zeit vor allem bei den apomiktischen Sippen ab. Das sind solche, bei denen auf ungeschlechtlichem Wege Samen oder Sporen gebildet werden (Bezeichnung bei Sporenpflanzen als Apogamie). Eine Reduktionsteilung (Meiose) bleibt dabei, die Individuen erzeugen erbgleiche Nachkommen (Klone): Eigentlich völlig erstarrte Genetik - alles Andere als Evolution. Doch es gibt immer wieder einmal besondere Umstände und einzelne Pflanzen, die dann ausbrechen und für sexuelle Fortpflanzung offen sind. Wenn sich das gleichzeitig bei Angehörigen genetisch abweichender Klone bzw. anderer, aber nah verwandter Arten ergibt, erfolgt mitunter eine Befruchtung. Falls deren Produkte nun aber wiederum asexuell und ohne Meiose Samen oder Sporen bilden, ist möglicherweise eine neue Sippe mit einem gegenüber dem Ausgangszustand verdoppelten Chromosomensatz entstanden. Falls sich die Nachkommen fest etablieren und ausbreiten können, werden solche hybridogenen Sippen früher oder später als eigene Typen erkannt bzw. als neue ("Zwischen-")Arten beschrieben.
Bei der Gattung Frauenmantel (Alchemilla) erfolgte eine derartige Sippenbildung zuletzt in der Eiszeit). Bei Brombeere (Rubus fruticosus agg.), Habichtskraut (Hieracium), Gold-Hahnenfuß (Ranunculus auricomus agg.), Löwenzahn (Taraxacum), Mehlbeere (Soburs aria agg.), Fingerkraut (Potentilla), Spreuschuppigem Wurmfarn (Dryopteris affinis s. l.) und etlichen weiteren Gattungen ereignet sich die Entstehung neuer Sippen dagegen rezent bzw. in der Gegenwart: Hier liegt heute zumindest im europäischen Raum das Zentrum der Evolution.
Bisher sind rund 900 oder rund 1/4 der in Deutschland einheimischen Wildpflanzen als Apomikten erkannt und beschrieben, also ein beträchtlicher Anteil. Da hier so vieles im Fluss ist, wird die Erkennung, Beschreibung und Benennung der einzelnen Sippen (Taxonomie) vor besondere Probleme gestellt. Einen praktikablen Weg hat WEBER aufgezeigt, der wegen der kaum überschaubaren Typenfülle bei den Brombeeren eingeführt hat dass ein neu entdeckter Typ erst dann nach den wissenschaftlichen Regeln als eigenes Taxon beschrieben und benannt wird, wenn er ein Areal von mindestens 50 km Durchmesser besitzt. Bei den Habichtskräutern gibt es Tendenzen, ähnlich zu verfahren, und manche plädieren dafür, diese Arealgröße generell als Voraussetzung dafür einzuführen, dass eine apomiktische Sippe in Roten Listen und damit in der Artenschutzarbeit berücksichtigt werden.
So pragmatisch ein derartiges Verfahren klingt, im Hinblick auf das Ziel, Evolution zu sichern, ist es zu bescheiden: Wenn solche Arealgrößen erreicht sind, liegt der grundliegende evolutionäre Schritt oft schon weit zurück. Für den Schutz von Vorgängen der Sippenbildung ist es aber wichtig, gerade die noch ganz kleinen und damit jungen Populationen ins Auge zu fassen. Das bedeutet, bereits dort aktiv zu werden, wo noch keine gültigen Beschreibungen existieren oder es sich um Ökotypen bzw. geographische Rassen handelt, deren Berücksichtigung den Rahmen von Taschenfloren bei weitem sprengen würde. Hier heißt es lieber mit provisorischen Bezeichnungen arbeiten als jene Keimzellen der Evolution einfach zu unterschlagen! Und es ist eine Strategie gefragt, die den Rahmen herkömmlicher Roter Listen ganz sicher sprengt: Wo MIschpopulationen nahe verwandter Apomikten vorkommen, z. B. mehrere Arten von Mausohr-Habichtskräutern (Pilosellinen) gilt es, deren Lebensraum zu sichern. Zusätzlich sollten Möglichkeiten genutzt den Apomikten neue Lebensräume anzubieten. Von diesen Überlegungen geleitet hat entsprechend Dr. F. Schuhwerk (Botan. Staatssammlung München) schon vor zehn Jahren angeregt, an Forstweg- und Straßenrändern Rohbodenflecken zu schaffen, die von Habichtskräutern besiedelt werden können.
Ein anderer Weg der Evolution besteht darin, dass durch die Anpassung an unterschiedliche Standortverhältnisse innerhalb einer Art genetisch unterscheidbare Ökotypen entstehen die sich irgendwann auch einmal so weit auseinanderentwickeln können, dass neue Unterarten oder gar Arten entstehen. Wie z. B. Dr. Reisch (Universität Regensburg) in seiner Dissertation aufgezeigt hat, haben besonders die verschiedenen landwirtschaftlichen Nutzungsformen der früheren Kulturlandschaft eine Reihe von Ökotypen hervorgebracht, z. B. der Futterwiesen, Magerweiden, Streuwiesen und Äcker. Belegt ist dies u. a. für den Klappertopf (Rhinanthus alectorolophus). Heute ist die Vereinheitlichung und Verarmung der Nutzungsformen wie auch der Landschaftspflege weit fortgeschritten. Der Naturschutz ist deshalb aus Artenschutzgründen gefordert, extensive Formen der traditionellen Landbewirtschaftung konsequent fortzuführen.